Sequiserve - DNA sequencing

Wir sequenzieren alle Arten klonierter DNA
sowie PCR-Fragmente!
Auch für problematische Templates haben
wir meist eine Lösung.

(siehe Qualität)

Gerne finden wir geeignete Primer für ihr
Sequenzierprojekt.

(siehe Primerdatenbank)


Jede Probe wird individuell behandelt – die maschinell ermittelten Sequenzen werden von unseren Mitarbeitern sorgfältig editiert.
Auf Wunsch liefern wir auch nicht-editierte Rohdaten ("non-edit").

Es kann zwischen drei Leseweiten gewählt werden:


Im Preis jeder Sequenzreaktion sind folgende
Leistungen bereits inklusive:

1. Prüfung von Qualität und Quantität der DNA Die Qualität aller eingehenden Proben wird mittels Agarosegel überprüft und die Konzentration jeder einzelnen Probe bestimmt.
2. Nachreinigung oder Aufkonzentrierung der DNA (falls erforderlich) Ist die Konzentration einer Probe gering oder erscheint die Qualität der DNA nicht optimal, wird die Probe durch Ethanolfällung gereinigt oder aufkonzentriert. Sollte die Gesamtmenge der DNA für eine Sequenzierung zu gering sein, setzen wir uns mit Ihnen in Verbindung, um das weitere Vorgehen zu besprechen.
3. Auswahl geeigneter Primer Wir überprüfen die im Auftrag angegebenen Primer in Bezug auf den Vektor und schlagen Ihnen ggf. Alternativen vor. Gerne wählen wir für Sie geeignete Primer anhand einer Referenzsequenz oder Vektorangaben aus. Wenn möglich, wählen wir einen unserer 1000 vorrätigen Primer und können somit die Bearbeitung Ihres Auftrags beschleunigen.
Primer Datenbank
4. Individuelle Anpassung der Reaktionsbedingungen Die Reaktionsbedingungen für die Sequenzierung werden individuell an Ihre Proben angepasst (eingesetzte DNA-Menge, Annealing-Temperatur, Sequenzier-Programm etc.). Dabei fließen unsere langjährigen Erfahrungen mit ein.
5. Kostenfreie Wiederholung der Sequenzreaktion Sollte das Ergebnis einer Sequenzierung nicht zufriedenstellend sein oder wurden gar keine Sequenzsignale erhalten, wird die mögliche Ursache dafür ermittelt (z.B. Sequenzabbruch an einer Sekundärstruktur, Intensitätsabfall, starker Untergrund etc.) und die Sequenzierung ohne weitere Kosten unter angepassten Reaktionsbedingungen wiederholt.
6. Editierung der maschinell erhaltenen Sequenzdaten Jede Rohsequenz wird von uns vollständig und gewissenhaft kontrollgelesen. Dies umfasst auch die Editierung maschinell nicht auswertbarer Sequenzen (z.B. Sequenzen mit starkem Untergrund, Sequenzen mit Frameshiftanteilen - siehe Qualität).
Auftretende Polymorphismen geben wir mit Quantifizierung an.
7. Übersichtliche Darstellung der Ergebnisse, Bildung von Gesamtsequenzen und Vergleich mit Referenzsequenzen Die editierten Sequenzdaten stellen wir in Alignments dar, die Sie als PDF-files erhalten. Wir bilden Gesamtsequenzen aus überlappenden Einzelsequenzen. Sofern uns eine Referenzsequenz vorliegt, vergleichen wir die ermittelten Sequenzdaten mit dieser und beschreiben das Ergebnis.
8. Detaillierte Kommentare zu den Ergebnissen Alle Sequenzdaten erhalten Sie von unseren molekularbiologisch versierten Mitarbeitern mit einem ausführlichen Kommentar zur Datensicherheit, zu möglichen Ursachen von unbefriedigenden Sequenzierergebnissen sowie Hinweisen zum weiteren Vorgehen.
9. Versendung der Daten nach Ihren Wünschen Sie können wählen, ob Sie die Daten - Sequenzfiles (txt, fasta), Elektropherogramme (ab1, scf), Alignments als PDF-file, Vector-NTI-Archivdaten (ma4) - elektronisch (E-Mail, SOS-System) oder als Hardcopy erhalten möchten.
10. Kostenlose Lagerung Wir lagern Ihre Proben und kundenspezifische Primer für mindestens ein Jahr. Ebenso werden Ihre Daten archiviert.

Folgende Leistungen erhalten Sie von uns gegen
zusätzliche Berechnung:

1. Säulchenreinigung Zur Abtrennung von Amplifizierungsprimern aus PCR-Proben werden auf Wunsch Säulchenreinigungen durchgeführt.
2. Reinigung über ein präparatives Agarosegel Spezifische PCR-Banden weden über ein präparatives Agarosegel isoliert und anschließend gereinigt.
3. Plasmid-DNA-Präparation aus Bakterienpellet
4. Direktsequenzierung von Bakterienpellets Maximale Leseweite 780bp!